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[NM7] grep과 awk를 이용한 nonmem의 xml 파일에서 결과값 추출하기

NONMEM 7 부터는 결과값을 xml 파일로 저장해준다. 이를 활용하면 objective function value, elapsed time 등의 수치를 쉽게 추출할 수 있다. Linux bash, grep, awk 등에 대해서는 http://bahndal.egloos.com/category/%EB%A6%AC%EB%88%85%EC%8A%A4%20bash%20script 사이트에 잘 정리되어 있다. 먼저 결과 파일명이 FO.xml 인 경우, grep을 이용해서 total_cputime 값을 추출해보자. $ grep 'nm:total_cputime' FO.xml 0.124 grep을 이용하면 해당 검색어가 있는 줄을 통째로 추출해줌을 알 수 있다. 여기에 awk를 이용해서 결과값만 뽑아내보자. $ grep..

IT/개발 2023.08.17

리눅스 find, grep, awk 사용하기

1. find 명령어 : 주어진 조건을 검색하여 파일 찾기 find [패스] [옵션] [작업] find / find . 옵션 -name name 지정된 이름의 파일 찾기. 와일드 문자 사용 시, " 쓰기. -user name user 소유의 파일을 찾기. -type [bcdfls] 지정된 형식의 파일을 찾기. b:블록파일 c:문자 d:디렉터리 f:파일 l:링크파일 s:소켓 -size [+/-]n[bckw] 지정된 크기의 파일을 찾기 +n:n보다 크다 -n:n보다 작다 n:n이다. b:512byte k:kilobytes w:2byte k G M -size +10M -inum number 지정한 아이노드 번호와 파일을 찾는다. -print 표준 출력으로 검색된 파일명을 출력한다. -exec command{}..

리눅스 cat 명령어 사용법. (Linux cat command) - 리눅스 파일 내용 출력.

1. 리눅스 파일 출력. 리눅스에서, 텍스트 파일(File)의 내용을 화면에 출력하는 방법 중 가장 쉽고 간단한 방법을 선택하라고 한다면, 어떤 명령를 가장 먼저 떠올리게 될까요? 아마 십중팔구 cat을 생각할 것입니다. cat 명령을 사용하면, 명령 뒤에 파일명을 적는 것만으로 파일의 모든 내용을 표준 출력(standard output)에 출력할 수 있습니다. 1.1 cat 명령의 동작. "파일의 내용을 출력"하기 위해 사용하는 cat 명령에 대한 정의를 조금 더 형식적인 문장으로 서술해보면, "cat 명령은 파일(들)을 순서대로 읽고 그 내용을 읽은 순서대로 표준 출력(standard output)에 쓰는 명령"이라고 정의할 수 있습니다. 그리고 cat 명령의 설명에서, cat 명령의 동작을 가장 명..

Linux - 명령어 결과에서 grep으로 찾은 라인의 위 아래 라인까지 가져오기

리눅스에서 명령을 사용하고 그 결과에서 특정 값만을 표시하기 싶을 때 grep을 많이 사용한다. $ iostat 1 2 | grep cpu 해당 라인 이후 혹은 이전의 몇 라인을 더 보고싶을 때가 있다. 필자는 cpu 정보들이 알고싶었으나, grep으로 찾으니 avg-cpu 라인만 출력. 이때 추가 라인까지 보고 싶으면 -A, -B 옵션을 사용하자. 옵션뒤에 원하는 숫자를 적으면 된다. -A는 아래로 몇줄, -B는 위로 몇줄을 추가로 표시한다. ex> [root@test ~]# iostat 1 1 Linux 2.6.32-573.1.1.el6.x86_64 (test.co.kr) 06/17/2016 _x86_64_ (24 CPU) avg-cpu: %user %nice %system %iowait %steal..

문자열을 받아들이는 방법과 문자열 가공에 사용되는 명령어 정리.

리눅스는 문자열 처리 부분에 있어서 윈도우 쉘 보다 다양한 방법을 제공 합니다. 쉘 자체적으로 제공하는 문자열 가공 명령이 있고 그외에 외부 프로그램에서 제공하는 문자열 가공 명령들이 있습니다. 각 명령들을 보다보면 중복 적인 기능들이 많아 혼동을 주는 경우가 있긴 하지만 각 방식 중에 자신에게 맞는 방법을 찾으시면 될 것 같습니다. 일딴 문자열 가공에 대해서 바로 들어 가기 전에 문자열 가공의 기본적인 확인 방법 부터 설명 드리겠습니다. ------------------------------------ #!/bin/sh directory_info=`ls -lt / | grep -i var` echo $directory_info ------------------------------------ 위에 스크..

IT, 개발/JAVAJAVA 명령어 실행 & 실행 후 결과 받아오기(명령어 2개 이상 사용하기)

자바로 프로그램을 개발하다 보면 프로그램 내에서 터미널 명령어를 실행해야 할 경우도 있고, 명령어 실행 결과를 가져와서 그 값을 사용해야 하는 경우도 있습니다. 그럴 때 사용할 수 있는 소스를 알아보도록 하겠습니다. 1. 명령어만 실행 // cmd 변수에 명령어 입력 String cmd = "java -jar test.jar"; try { new ProcessBuilder("/bin/sh", "-c", cmd).start(); } catch (IOException e) { } 문자열로 명령어를 입력하여 실행할 때 두 개 이상의 명령어를 사용하고 싶다면 구분자로 나눠서 입력합니다. 다중 명령어를 간단하게 살펴보겠습니다. 1) ; String cmd = "java -jar test1.jar;java -jar..

IT/개발 2023.08.17

리눅스 awk 사용법

awk awk : 데이터를 조작하고 리포트를 생성하기 위해 사용하는 언어입니다. 리눅스에서 사용하는 awk는 GNU 버전의 gawk로 심볼릭 링크되어 있습니다 간단한 연산자를 명령라인에서 사용할 수 있으며, 큰 프로그램을 위해 사용될 수 있습니다. awk는 데이터를 조작할 수 있기 때문에 쉘 스크립트에서 사용되는 필수 툴이며, 작은 데이터베이스를 관리하기 위해서도 필수입니다 Alfred Aho, Peter Weinberger, Brian Kernighan 3명이 만들었는데 이들의 이름 이니셜을 가져와서 awk라고 부릅니다 awk 프로그래밍 형식 awk 명령어를 입력한 다음, 작은따옴표로 둘러싸인 패턴이나 액션을 입력하고 마지막엔 입력 파일 이름. 파일 이름을 지정하지 않으면 키보드 입력에 의한 표준 입력..

ssh 원격 명령 실행

한줄 명령 실행 여려줄 명령 실행 원격 스크립트 실행 별도의 쉘스크립트를 만들고 원격에 스크립트 해석기를 실행시키고 파이프나 리다이렉션으로 보내는 방법 Perl 스크립트를 ssh를 통해 실행 이것을 기초로 여러 서버에 명령을 내리려면 다음처럼 서버의 리스트를 만들고 리스트에 대해 루프를 돌면서 위의 명령을 서버별로 실행하면 될 것이다. 다중 서버에 스크립트를 실행 이렇게 하면 문제는 순차적으로 실행을 하기 때문에 한 서버씩 실행이 끝날 때 까지 기다려야 해서 속도가 늦고 나중에 결과를 보기가 힘들다는 것이다. 그러면 ssh $m sh $m.log & 고치면 각 ssh 명령이 fork되어서 백그라운드로 돌고..

perl - ssh접속해서 원격명령 실행 및 결과 받아오기

#!/usr/bin/perl my($host, $username, $password); $host="221.xxx.xxx.xxx"; $username="ruis"; $password="xxxxxcxx"; use strict; use Net::SSH::Perl; my $ssh = Net::SSH::Perl->new($host); $ssh->login($username, $password); my($local_dir, $local_filename, $remote_dir, $remote_filename); #$remote_dir = "/home/ruis"; #$remote_filename = "passwd"; $local_dir = "/home/RR"; $local_filename = "_httpd"; ope..

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